A origem do Kuji-In se perde nas areias do tempo. Foi citado pela primeira vez no texto taoísta Neipian, escrito por Ge Hong, texto esse também conhecido como Baopuzi. Em seguida, foi citado no texto budista chinês Wangsheng Lunzhu, tendo sido introduzido no Japão a partir do Shungendou, e das escolas budistas Shingon e Tendai.
Não é uma arte do ninjutsu como é amplamente difundido. No entanto, por estar associado a práticas meditativas para despertar o lado espiritual, o Kuji In costuma ser utilizado nas artes marciais assim como o Chi Kung.
Literalmente, Kuji In significa “os nove signos silábicos”, pois é composto de nove etapas, cada uma contendo um mantra, um mudra, uma visualização e uma correspondência com os chakras, as quais são denominadas por nove sílabas japonesas.
Também é chamado de Kuji Kiri, ou os nove cortes. Recebe esta denominação porque uma das práticas dos onmyouji (o praticante do onmyoudou) consistia em desenhar uma trama, com cinco linhas e quatro colunas, cada uma correspondendo a uma das nove sílabas, sobre a qual era desenhado um kanji específico para os seus propósitos, sendo geralmente utilizada para proteção. No entanto, o uso principal no Kuji In é como preparação para os rituais de banimento.
RIN
A força da mente e do corpo
Mantra em sânscrito: Om vajramanataya swaha
Mantra em japonês: On baishiraman taya sowaka
OBS: Os mantras são um só. Como os japoneses tinham dificuldade em pronunciar certos fonemas em sânscrito, eles fizeram essa transliteração para o japonês.
PYO/KYO/HYO
A canalização da energia
Mantra em sânscrito: Om ishaanayaa yantrayaa swaha
Mantra em japonês: On isha naya in tara ya sowaka
TOH
A harmonia
Mantra em sânscrito: Om jitraashi yatra jivaratna swaha
Mantra em japonês: On jite rashi itara jiba ratano sowaka
SHA
A cura ou a regeneração
Mantra em sânscrito: Om haya vajramaantayaa swaha
Mantra em japonês: On haya baishiraman taya sowaka
KAI
A intuição ou a premonição
Mantra em sânscrito: Om namah samanta vajranam ham
Mantra em japonês: On nomaku sanmanda basaradan kan
JIN
A comunicação ou o conhecimento
Mantra em sânscrito: Om agnayaa yanmayaa swaha
Mantra em japonês: On aga naya in maya sowaka
RETSU
O domínio ou a percepção do tempo e do espaço
Mantra em sânscrito: Om jyotihi chandoga jiva tay swaha
Mantra em japonês: On hirota ki shanoga jiba tai sowaka
ZAI
A consciência dos elementos da criação
Mantra em sânscrito: Om srija iva rtaya swaha
Mantra em japonês: On chirichi iba rotaya sowaka
ZEN
A iluminação ou o esclarecimento
Mantra em sânscrito: Om ah ra pa cha na dhi
Mantra em japonês: On a ra ba sha n sowaka